Grâce à la création du Parc national en 1989, la Guadeloupe a permis de développer un statut de protection pour les écosystèmes et les espèces relativement tôt. Cependant, malgré les règlementations de protection, les obligations ne sont pas toujours respectées et les contrôles ne sont pas suffisamment appliqués. Les formations forestières, en particulier sur le littoral, régressent constamment à cause de l’augmentation des aménagements et infrastructures, et beaucoup de défrichements et de remblais sont pratiqués dans l’illégalité.
De nombreuses espèces introduites représentent une menace importante pour la biodiversité comme la Petite mangouste indienne (Urva auropunctata), l’Iguane commun (Iguana iguana), la Fourmi manioc (Acromyrmex octospinosus), l’Escargot géant africain (Lissachatina fulica), ou encore le Tulipier du Gabon (Spathodea campanulata).
Comme en Martinique, la chlordécone, pesticide utilisé dans les bananeraies entre les années 1970 et 1990 a massivement pollué les milieux naturels de l’île. Si ses impacts sur la santé humaine commencent à être reconnus, ses conséquences sur les espèces et les écosystèmes sont également étudiées. Des études ont notamment montré une importante contamination des organismes marins côtiers, ce qui a conduit à interdire la pêche dans certaines zones.
Le projet de réintroduction du Lamantin des Caraïbes (Trichechus manatus) porté depuis 2014 par le Parc national de Guadeloupe dans le cadre du LIFE SIRENIA, a du être interrompu en 2018.
Le Parc national administre depuis 2014 KaruNati, le portail d'accès aux données naturalistes du SINP de la Guadeloupe, par ailleurs soutenu par la DEAL et le Conseil Régional.