Insularité, isolement, faible occupation humaine, ces caractères permettent aux îles Éparses d’abriter une biodiversité remarquable au regard de leur petite taille, en particulier d’impressionnantes colonies d’oiseaux marins et des récifs coralliens dans un état de conservation quasiment intact. Cependant, elles ne sont pas exemptes d'impacts des activités humaines et sont soumises aux menaces des changements globaux.
Plusieurs espèces non-indigènes ont été introduites sur les îles, volontairement ou involontairement, par les explorateurs. On y compte ainsi six espèces de mammifères et six espèces d’oiseaux naturalisés, mais aussi de nombreuses espèces végétales, des reptiles ou encore des insectes. Si les conséquences de la présence de certaines espèces introduites sont encore méconnues, l’impact des mammifères prédateurs est lui avéré : les chats et les rats déciment les colonies d’oiseaux. Pour y remédier, les agents des TAAF mènent des campagnes de dératisation, notamment à Tromelin, où leur l’effet a été nettement observable : les effectifs des populations ont augmenté et plusieurs espèces qui n’étaient plus observées sont revenues nicher, comme la Gygis blanche (Gygis alba) et le Noddi brun (Anous stolidus) .
L’administration des Terres australes et antarctiques françaises s’est engagée aux côtés de La Réunion et de Mayotte pour la préservation des tortues marines, fortement menacées, par la mise en place d’un Plan national d’action. Ses principaux objectifs : lutter contre le braconnage et les impacts de la pêche, préserver les sites de ponte (notamment contre les espèces introduites), préserver les herbiers de nourrissage et approfondir les connaissances scientifiques sur les tortues.
Du fait de leur richesse en poissons pélagiques (marlins, espadons, thons, bonites), les eaux de l’océan Indien sont parcourues par des flottilles industrielles de pêche. Dans les eaux sous juridiction françaises autour des îles Éparses, la pêche est autorisée mais règlementée, et certaines espèces comme le Thon albacore (Thunnus albacares) font l’objet de limitations de captures en raison du mauvais état estimé des stocks. Des observateurs de pêche sont embarqués à bord des bateaux de pêche afin de veiller au respect de ces règlementations et rapporter à l’Institut de Recherche et développement (IRD) des données scientifiques pour étudier les populations de ces poissons.
Pour en savoir plus : visitez le site des Terres australes et antarctiques françaises et consultez le livret d'identification de la faune des îles Éparses.