Bien que la Réserve naturelle nationale des Terres australes françaises constitue un territoire extrêmement préservé, il n’en demeure pas moins qu'il est sujet à un certain nombre de pressions qui relèvent non seulement de facteurs externes, ne pouvant être traités qu’à l’échelle de la planète (changements climatiques, polluants atmosphériques, etc.), mais également de facteurs locaux, liées aux activités humaines passées et/ou présentes sur ces îles :
Un vaste cortège d’espèces végétales et animales ont été introduites au cours du temps, volontairement ou involontairement. C’est le cas, entre autres, des mammifères terrestres (rongeurs, lapins, chats). Les interactions entre ces espèces importées avec la flore et la faune locale sont relativement bien connues. Afin de réduire la probabilité de nouvelles introductions sur le territoire, des procédures strictes de biosécurité sont été mises en place par la Réserve avant tout accès.
Des activités de pêche se déroulent dans la partie marine de la Réserve. La pêcherie de Kerguelen et de Crozet cible exclusivement la légine australe (Dissostichus eleginoides) mais entraine la capture d’espèces accessoires qui sont peu ou pas valorisées commercialement. Les oiseaux marins, attirés par les hameçons appâtés lors de la mise à l’eau des lignes et de leur remontée à bord, sont particulièrement vulnérables. Les prescriptions techniques mises en place par les TAAF pour limiter cette mortalité aviaire montrent de bons résultats. La déprédation des lignes par les orques et les cachalots, qui conduit à des modifications comportementales de ces mammifères marins et à une pression accrue sur la ressource, constitue un autre enjeu de gestion des pêcheries. Autour des îles Saint-Paul et Amsterdam, la pêche pratique est à la langouste et aux poissons. Si la pression exercée par les casiers et les engins de pêche sur certaines espèces et habitats est réelle, elle n’est néanmoins pour l’instant pas véritablement évaluée.
Les autres menaces, bien que prises en compte par la Réserve naturelle dans le cadre de son plan de gestion, sont considérées comme mineures.
Pour en savoir plus sur ces territoires, consultez le site des Terres australes et antarctiques françaises et le site de la Réserve naturelle nationale des Terres australes françaises.