En raison de leur isolement, les écosystèmes de Polynésie française s’avèrent particulièrement vulnérables aux espèces introduites envahissantes. De nombreuses espèces très invasives sont à l’origine de régressions de populations chez la faune et la flore indigène. Le Miconia (Miconia calvescens), introduit en 1937 dans un jardin botanique à Tahiti, remplace les espèces végétales indigènes et endémiques et entraine l’appauvrissement des forêts humides des vallées et de montagne jusqu’à 1 300 m d’altitude. Surnommé « le cancer vert », il recouvre désormais deux tiers des forêts de Tahiti et a été introduit dans d’autres îles de la Société et des Marquises. D’autres espèces végétales, comme le Tulipier du Gabon (Spathodea campanulata), sont également préoccupantes en raison de leur expansion.
Comme dans de nombreux milieux insulaires à travers le globe, l’introduction des rats a des conséquences désastreuses pour les écosystèmes, en particulier pour les oiseaux dont les œufs sont prédatés, mais aussi pour la flore indigène, car les rats, en consommant les plantules et les graines, perturbent la régénération naturelle des forêts. Les chats harets (chats domestiques retournés à l’état sauvage) sont également une menace importante pour la biodiversité des îles de Polynésie française. Les études récentes montrent une forte prédation sur les oiseaux, dont des espèces endémiques aux Marquises, et les reptiles. D’autres espèces animales introduites, comme les fourmis (Petite fourmi de feu (Wasmannia auropunctata), Grande fourmi folle (Anopolepis gracilipes) etc.) ou des oiseaux (Merle des Moluques (Acridotheres tristis), Bulbul à ventre rouge (Pycnonotus cafer), Busard de Gould (Circus approximans), etc.) ont également un fort impact sur la biodiversité terrestre des îles de Polynésie française.
Si des actions sont entreprises pour lutter contre ces espèces dans les îles où elles ont été introduites, il s’agit également d’éviter leur dissémination sur des îles où elles ne sont pas encore présentes, en mettant en place des mesures de biosécurité (chiens détecteurs, inspections, interdiction de déplacer de la terre d’une île à l’autre…). L’introduction d’espèces non existantes sur le territoire de la Polynésie française est interdite.