Les menaces pesant sur la biodiversité de Saint-Pierre-et-Miquelon sont nombreuses. Comme tous les territoires d’outre-mer, l’archipel subit la présence d’espèces exotiques envahissantes terrestres, la Renouée du Japon (Reynoutria japonica) et le Séneçon Jacobée (Jacobaea vulgaris) sont parmi les plus impactant.
La forêt boréale, sous la pression combinée des herbivores introduits, des pathogènes et du réchauffement climatique, perd en moyenne une vingtaine d'hectares par an, et son état de conservation n'est guère rassurant.
Au niveau marin, depuis l’effondrement des populations de morue des bancs de Terre-Neuve par la surpêche dans les années 70 à 90, la pression de la pêche a diminué, cependant la pêche au filet du Saumon Atlantique capture accidentellement de nombreux oiseaux et mammifères marins. Les espèces exotiques marines sont également une préoccupation, en particulier les populations de Crabe vert (Carcinus maenas), en augmentation.
La chasse est une question délicate sur l'archipel. Concernant les mammifères introduits, elle permet d'un côté leur régulation, mais de l'autre elle justifie également leur maintien. Quant à la chasse aux oiseaux migrateurs, elle peut freiner l'implantation de colonies nicheuses comme celles de l’Eider à duvet (Somateria mollisima).
Le territoire est pour le moment le seul d’outre-mer français à ne disposer d’aucun dispositif de protection réglementaire (hormis les réserves de chasse et de faune sauvage). Après l'abandon d'un premier projet de Réserve naturelle du Grand Barachois au début des années 90, un projet de création de Réserve naturelle sur le Grand et le Petit Colombier a été lancé en 2007. Plaçant sous protection une surface terrestre de 47 ha et une zone maritime de 420 ha, il permettrait de préserver ce site de nidification remarquable. Malgré un avis favorable du Conseil national de protection de la nature, ce projet a été mal perçu par les populations locales qui craignaient des contraintes sur leurs activités traditionnelles, c’est pourquoi le projet est gelé pour le moment.
Sur l’archipel, 40 Zones naturelles d'intérêt écologique, faunistique et floristique (ZNIEFF), abritant au moins une espèce ou un habitat naturel remarquable ou rare, ont été délimitées. Cela couvre 89 % du territoire terrestre et traduit la richesse et la valeur écologique des écosystèmes de ces îles, toutefois ce statut n'engendre pas de protection juridique. Actuellement, seules des espèces de chauves-souris, de mammifères marins, d’oiseaux et de tortues marines bénéficient d’une protection réglementaire.
