Mayotte présente la densité de population la plus forte de tous les territoires d’outre-mer, et la population ne cesse d’augmenter. Cette pression démographique entraine de nombreuses conséquences sur les milieux naturels.
Le déboisement massif pour l’agriculture, la construction d’infrastructures urbaines et l’utilisation de bois de coupe et de charbon ont drastiquement détérioré les écosystèmes terrestres et la végétation d’origine ne couvre plus qu’environ 10 % du territoire. Cette déforestation aggrave l’érosion des sols et le lessivage des sédiments qui provoque l’envasement du lagon et la dégradation des récifs coralliens.
Le manque d’assainissement est également l’un des problèmes environnementaux majeurs à Mayotte. En raison du trop faible nombre de stations d’épuration et du faible raccordement des foyers (seulement 10 % de la population raccordée en 2020), les eaux usées sont souvent déversées dans le lagon sans avoir été traitées, chargées de polluants d’origines domestiques, agricoles et industrielles.
La pêche est une pratique ancrée dans la culture locale. De nombreuses techniques sont utilisées : pêche à pied (au poulpe), en pirogue, au djarifa (pratiquée par les femmes à l’aide d’un grand tissu maintenu dans l’eau), chasse sous-marine, etc. Ces pratiques sont règlementées et certaines espèces sont interdites de capture. Les déchets issus de la pêche sont également une cause de dégradation du milieu marin.
De nombreuses espèces exotiques envahissantes sont présentes à Mayotte et impactent l’équilibre des écosystèmes, comme le Lantana (Lantana camara), un arbuste originaire des Antilles classé parmi les pires espèces envahissantes au monde, ou l’Avocat marron (Litsea glutinosa), un arbre qui prolifère dans les forêts du nord de l’île.