Formée de deux îles principales, Basse-Terre et Grande-Terre, séparées par un bras de mer et entourées de plusieurs dépendances et d’îlets, la Guadeloupe, en raison de sa taille, son altitude, sa géologie et la diversité de ses paysages, est le territoire le plus riche en espèces, notamment endémiques, des Petites Antilles.

Au cœur de l’arc des Petites Antilles, la Martinique, baptisée Ioünacaera « l’île aux iguanes » par ses premiers occupants amérindiens, présente une grande diversité de paysages. Au nord, des forêts humides bien conservées entourent le volcan de la Montagne Pelée. Le sud, plus sec et d’une altitude plus faible, est plus peuplé et urbanisé. L'île est entourée de 48 îlets, répartis principalement sur la côte atlantique, sur lesquels on retrouve une végétation adaptée aux milieux très secs et qui accueillent de nombreux oiseaux nicheurs.

Située au nord de l’archipel des Petites Antilles, à une vingtaine de kilomètres au nord-ouest de Saint-Barthélemy, l’île de Saint-Martin/Sint-Marteen est partagée en deux : au nord le territoire français, au sud le territoire néerlandais. Densément peuplée, l’île au climat sec est vallonée, avec des collines de faible altitude et de nombreux étangs littoraux anciennement exploités pour la production de sel. Malgré sa petite taille, l’île possède un patrimoine naturel original, avec de quelques espèce endémiques et sub-endémiques aux îles du Banc d’Anguilla (formation géologique qui regroupe Anguilla, Saint-Martin, Saint-Barthélemy et leurs îlets).

Au nord des Petites Antilles, à une vingtaine de kilomètres au sud-est de Saint-Martin, Saint-Barthélemy, de son nom amérindien Arawak Ouanalao « iguane dessus », est une île vallonnée au climat très sec, entourée de 18 îlets. Issue du même banc géologique que Saint-Martin et Anguilla, Saint Barth partage, avec ces îles proches une grande partie de sa biodiversité. Plusieurs espèces sont dites subendémiques, endémiques à ces trois îles. Sa biodiversité sous-marine est également remarquable, il s’agit de l’un des sites les plus riches en espèces coralliennes des Antilles françaises.

La Nouvelle-Calédonie se caractérise par le taux d'endémisme particulièrement élevé de sa flore (76 % d'espèces endémiques) et de sa faune terrestre, ainsi que l'existence d'écosystèmes terrestres remarquables : forêt humide, maquis minier, zones humides... La biodiversité marine est également d'une richesse exceptionnelle avec plus de 20 000 espèces recensées, dont plus de 400 espèces de coraux, plus de 2 000 espèces de poissons et 30 espèces de mammifères marins. L'archipel abrite la seconde plus grande barrière récifale au monde, longue de 1 600 km et quasi-continue.
Cette richesse est reconnue au niveau international par l'inscription des lagons de Nouvelle-Calédonie au Patrimoine mondial de l'UNESCO ou encore des lacs du Grand Sud sur la liste Ramsar.

À plusieurs milliers de kilomètres des continents les plus proches, la Polynésie française, avec ses 118 îles réparties en 5 archipels (Australes, Société, Marquises, Tuamotu, Gambier), s’étend sur une surface grande comme l’Europe. On trouve une grande diversité géomorphologique, des îles volcaniques hautes jeunes de moins d’un million d’années (Tahiti) aux atolls de plusieurs dizaines de millions d’années, ainsi qu’une grande amplitude climatique, allant du climat subtropical au quasi-équatorial. L’extrême isolement géographique des îles de la Polynésie française est à l’origine d’un taux d’endémisme particulièrement élevé de la faune et la flore terrestre, mais il rend aussi la gestion des espaces naturels plus difficile. La nature et la culture sont souvent indissociables dans les savoirs traditionnels du fenua.

A l’est de la Nouvelle-Calédonie, trois îles aux profils très différents composent le territoire français le plus éloigné de la métropole : l’archipel de Wallis-et-Futuna. L’île de Wallis, aussi appelée 'Uvea, est entourée par un vaste lagon et des îlots coralliens et concentre les 2/3 de la population. A 230 km à l’ouest se trouvent les îles Horn séparées par un détroit : Futuna, au relief escarpé, et Alofi, quasiment non-habitée et encore largement recouverte de forêt primaire. La connaissance de la biodiversité de l’archipel est encore assez incomplète mais a beaucoup progressé ces dernières années.

« L’île intense » est située sur un point chaud de biodiversité et présente un fort taux d’endémisme. Les milieux naturels y sont relativement bien conservés par rapport aux autres îles des Mascareignes (Maurice et Rodrigues) en raison du relief escarpé. De nombreuses espèces ont toutefois disparu depuis l’arrivée des humains au 16^e siècle sur une île alors inhabitée. Forêts humides, ravines et rivières, cirques et remparts, volcan, récif corallien... La Réunion présente une diversité d’écosystèmes et une forte volonté de les préserver.

Située dans l’archipel des Comores, au nord-ouest de Madagascar, Mayotte est un trésor de biodiversité. Une barrière récifale de 140 km de long entoure les deux îles principales ainsi que 18 îlots, et délimite un vaste lagon, l’un des plus grands et des plus profonds du monde. Ces eaux abritent une incroyable diversité d’organismes marins : poissons, mollusques, coraux, mammifères marins...
Le milieu terrestre n’est pas en reste : Mayotte apparaît comme l’une des îles océaniques tropicales les plus riches du monde en termes de flore indigène, au regard de sa superficie. On y trouve de nombreuses espèces endémiques, ou sub-endémiques à l’archipel des Comores. Les milieux naturels mahorais sont cependant fortement dégradés par les activités humaines, en raison notamment d’une très forte densité de population.

Fjords, glaciers, falaises, cratères, vallées à la végétation rase… Les Terres Australes françaises– aussi appelées îles subantarctiques - fascinent par leur isolement et leur nature brute et inhospitalière. Au sud de l’océan Indien entre les 40^e rugissants et les 50^e hurlants, ces îles volcaniques balayées par les vents présentent des paysages exceptionnels et abritent l’une des plus fortes concentrations et diversités d’oiseaux marins au monde. Leurs eaux sont également très riches, accueillant de nombreux mammifères marins qui viennent s’y nourrir. Ces îles sont classées en Réserve naturelle nationale depuis 2006 et inscrites sur la Liste du Patrimoine mondial de l’Unesco depuis 2019.

Dans le canal du Mozambique, entre 10° et 25° de latitude sud, se répartissent l’archipel des Glorieuses, les îles Juan de Nova et Europa, et l’atoll de Bassas da India. Au nord de La Réunion, l’île de Tromelin complète cet ensemble de territoires français regroupés sous le nom d’îles Éparses, intégrés au sein des Terres australes et antarctiques françaises (TAAF). Si la surface terrestre cumulée de ces îles est réduite, elles permettent à la France de détenir un important territoire maritime sous sa juridiction. L’isolement et la faible occupation humaine permettent aux îles Éparses d’abriter une biodiversité remarquable au regard de leur petite taille. Elles hébergent notamment de grandes colonies d’oiseaux marins, des récifs coralliens dans un excellent état de conservation et sont des sites de pontes privilégiés pour les tortues marines.

Seul territoire français du Pacifique nord, situé à plus d’un millier de kilomètres des côtes mexicaines, l’atoll de Clipperton est considéré comme le plus isolé au monde. Baptisé île de la Passion par les premiers français y ayant débarqué en 1711, cet anneau corallien est l’unique point émergé d’une chaine de monts et de volcans sous-marins. Au sud de l’île, le Rocher qui culmine à 29 m d’altitude est le dernier vestige de sa formation volcanique d’origine. La biodiversité marine autour de Clipperton est particulièrement riche et abondante et l’état de ses récifs coralliens est parmi les meilleurs de la planète. L’atoll constitue une étape et un refuge pour plusieurs espèces migratrices d’oiseaux et de requins, et le premier site mondial de reproduction pour les fous masqués, mais sa biodiversité a été profondément impactée par les activités humaines. Si historiquement l’introduction des porcs domestiques a provoqué l’effondrement des colonies d’oiseaux, les préoccupations actuelles portent surtout sur la pêche non régulée, les macrodéchets ainsi que la vulnérabilité de l’atoll face aux changements climatiques.

Située entre le Brésil et le Suriname, la Guyane est le plus vaste territoire d’outre-mer français, et le seul non insulaire. Il est en majorité recouvert de forêts tropicales humides, excepté sur la bande côtière où se trouve une mosaïque d’habitats plus ou moins ouverts : plages, mangroves, savanes, forêts marécageuses et marais. Il est difficile de résumer la diversité des espèces guyanaises tant elle est vaste, aussi bien chez la faune que la flore, et une grande partie est encore largement méconnue. Un hectare de forêt peut abriter plus de 300 espèces d’arbres, soit plus d’espèces qu’il n’y en a dans toute l’Europe continentale, et la diversité totale des insectes de Guyane est estimée à plus de 100 000 espèces. Bien que les milieux guyanais soient encore relativement préservés des activités humaines, certaines pressions, dont l’orpaillage, sont très préoccupantes.

A quelques kilomètres au sud de Terre-Neuve (Canada), l’archipel de Saint-Pierre-et-Miquelon se compose de trois îles principales : Saint-Pierre, où se concentre la majorité de la population, et les îles de Miquelon et Langlade reliées entre elles par un isthme de sable. Le brassage des eaux du courant froid du Labrador et des eaux plus chaudes du Gulf Stream, ont pour résultat que l'archipel présente des écosystèmes remarquables, aussi bien du côté terrestre (forêt boréale, tourbières, landes à éricacées) que marin (bancs de maërls, bancs de modioles). L’archipel accueille également d’impressionnantes colonies d’oiseaux marins qui viennent s’y reproduire, et ses eaux sont fréquentées par de nombreux mammifères marins.

Froid polaire, blizzards, longue nuit polaire, en Terre Adélie, secteur angulaire de l'Antarctique, les conditions de vie sont extrêmes et peu d’espèces sont capables de les supporter ! Le territoire est difficilement accessible : à partir du mois de mars, la mer qui borde le continent Antarctique se couvre d’une pellicule de glace qui s’épaissit pour atteindre un à deux mètres durant l’hiver, rendant la navigation et l’accès impossible. Le retour de l’été entraîne la débâcle de cette glace qui se fragmente en plaques partant à la dérive.

L’Antarctique dispose d’un régime juridique unique basé sur le Traité sur l’Antarctique signé à Washington en 1959, qui pose le principe du gel de toute revendication territoriale, terrestre ou maritime. La France y fait figure d’« État possessionné ». Ce traité est complété par le Protocole relatif à la protection de l'environnement en Antarctique (Protocole de Madrid), qui fait depuis 1991 de l’Antarctique une « réserve naturelle consacrée à la paix et à la science ». La militarisation et l’exploitation des ressources minérales ne sont pas tolérées dans la zone du Traité.